Manta est un jeune collégien, qui trime tous les jours à l'école et aux cours du soir. Un soir qu'il est en retard pour prendre son train, il décide de passer par le cimetière pour raccourcir sa route. Et là il aperçoit un jeune garçon de son âge, qui l'invite à rester pour voir les étoiles avec lui et tous les fantômes du cimetière que Manta voit aussi. Il s'enfuit en courant. Le lendemain il raconte tout ça à ses copains de classe qui ne le croient évidemment pas. Un nouvel élève arrive alors dans la classe: le garçon du cimetière. Il s'appelle Asakurah Yoh. Il fait semblant de ne pas reconnaître Manta. Le soir celui-ci le suit pour le démasquer, et Yoh lui explique qui il est: c'est en fait un shaman, un humain qui relie le monde terrestre au monde de l'au-delà, et il est là pour complèter son apprentissage. Manta va petit à petit devenir ami avec lui et comprendre ce qu'il fait réellement et les dangers qu'il court continuellement. Quand à Yoh, il va devenir ami avec le fantôme d'un grand samourai et en apprendre encore plus sur ses pouvoirs grâce à sa rencontre avec d'autres shamans...
